В ордовике широко распространены кремниевые губки с четырехосными спикулами, спаянными в литистидную решетку. Они образуют губковые горизонты в ордовике северо-запада России, Эстонии, Германии, Англии и Северной Америки. В девоне наблюдается расцвет кремневых губок с трехосными спикулами, особенно в Северной Америке. В девоне впервые появляются и достоверные известковые губки. Начиная с карбона кремневые и известковые губки становятся все разнообразнее, но по-прежнему встречаются только в морских бассейнах. В мезозое, в юрское время, впервые появляются пресноводные формы, представленные кремниероговыми губками. В это же время морские губки начинают осваивать глубоководье. Наибольшего разнообразия и распространения губки достигают в поздней юре и в мелу.
В раннемеловое время известковые губки участвовали в образовании малых рифовых тел, биостромов и биогермов. В позднем мелу наиболее известны кремниевые трехосные шестилучевые губки, образующие разнообразные заросли в мелководье сантонского века и в глубоководье кампанского века России и других стран.
Современные губки встречаются в морских, реже в пресноводных бассейнах всех широт от тропиков до Арктики и Антарктики и на различных глубинах, от зоны прилива-отлива и до океанических желобов. Губки обитают также и в абиссальных оазисах, образуя внешнее кольцо вокруг курильщиков.
